为了实现土地资源的数量、质量与生态协调管护，从1999年至今，国土资源部中国地质调查局组织实施了土地质量地球化学调查评价工程，该工程由多目标区域地球化学调查、生态地球化学评价和土地质量地球化学评价等一系列工作组成。
其中，多目标区域地球化学调查按照1∶250000的比例，按每平方千米1个样品和4平方千米1个样品分别采集0~20厘米表层土壤和150~180厘米深层土壤，分析能够反映土壤环境质量、养分丰缺和理化性质的54项指标。截至2012年底，累计完成170万平方千米的土壤调查任务，覆盖了我国中东部主要农耕区。
生态地球化学评价工作则从地质背景、自然作用和人为影响等多方面研究了重点区带土壤中有害元素富集的原因。初步调查研究证实，局部地区耕地土壤中存在不同程度的有害元素复合污染问题，而且有害元素来源复杂，既有来自工农业生产的人为污染，也有地质体本身有害元素高含量所致，还有自然作用引起的土壤有害元素次生富集。通常情况下，由地质背景和自然作用引起的土壤有害元素富集，其危害性要小于人为作用引起的土壤重金属污染。调查显示，在人为因素引起的土壤污染中，大气干湿沉降是最主要的外源污染物输入途径，其次为不合理灌溉和施肥，局部地区耕层土壤中，畜禽养殖的污水与畜禽粪便也是重要的污染源。因此，耕地环境质量与大气环境质量、地表水环境质量密切相关。
从2005年至今，国土资源部中国地质调查局还开展了国家-省级、市-县级和乡镇级三种尺度的土地质量地球化学评价工作，以耕地环境质量、养分丰缺与理化性质为主，兼顾大气质量、灌溉水质量和农作物安全对耕地质量等级进行划分，并以此提出土地资源规划利用建议，为实现土地质量的可持续利用奠定了基础。
